Keskeistä tieteellisissä artikkeleissa on se, että niissä pyritään (1) väittämään jotakin ja (2) vakuuttamaan lukija väitteiden paikkansapitävyydestä. Vakuuttaminen perustuu yleensä kahden eri menetelmän yhdistelmään:
Tieteellisissä artikkeleissa samoin kuin muissakin kirjoitelmissa esiintyy kuitenkin muutakin kuin argumentatiivista kielenkäyttöä --- usein vieläpä etupäässä muuta. Kirjoittaja voi esimerkiksi
Artikkelissa esiintyvät argumentaation analysoimisessa on siis ensinnäkin pystyttävä tunnistamaan, mitä väitteitä kirjoittaja esittää. Tämä voi olla huomattavan vaikeaa ja vastaan voi hyvinkin tulla teknisiä raportteja tai tieteellisiä artikkeleja, joista on vaikea sanoa, väitetäänkö niissä oikeastaan yhtään mitään.
Suuri osa myös kuvailevasta kielenkäytöstä esittää tosiasioita kuvailun kohteesta ja näitä voidaan pitää kyseistä kohdettä koskevina väitteinä. Nämä väitteet ovat kuvailevassa kielenkäytössä kuitenkin joko yleisesti hyväksyttyjä ("päälähestymistavat ohjelmointikielen semantiikan kuvaamiseen ovat operationaalinen, aksiomaattinen ja denotationaalinen semantiikka") tai sellaisia, joiden esittämisessä kirjoittaja on tiedollisesti vahvemmassa asemassa ("kehittämämme järjestelmä ABC jakautuu osajärjestelmiin D, E ja F", "järjestelmän suorituskyvyn pullonkaulaksi on osoittautunut osajärjestelmän D toiminto S"). Tällaiset väitteet ovat argumentaation kannalta mielenkiintoisia vain jos lukijalla mahdollisesti on jotain ristiriitaista ennakkokäsityksiä (esim. "ABC:n tyyppisissä järjestelmissä suorituskyvyn on tyypillisesti havaittu ensisijaisesti riippuvan E:n tyyppisistä osajärjestelmistä").
Artikkelissa esiintyviä väitteitä voi pyrkiä tunnistamaan eri tavoin:
On huomattava, että artikkeleissa voi esiintyä implisiittisiä väitteitä. Esimerkiksi sen, että jotain asiaa tarkasti kuvataan, voisi ajatella perustuvan väitteeseen, että tuo asia on sinällään tärkeä tai sen ymmärtäminen on olennaista jonkin muun asian ymärtämisen kannalta. Väitteet voidaan usein myös jakaa tosiasiaväitteisiin (miten asia on) ja arvoväitteisiin (mikä on asian arvo).
Väittettä perustellaan muilla, helpommin hyväksyttävillä väitteillä. Tyypillisesti väitteen perusteluna on useampia muita väitteitä, joiden yhdistelmästä varsinainen väite seuraaa. Jotkin näistä muista väitteistä voivat olla myös julkilausumattomia taustaoletuksia. Jos taustaoletukset ovat yleisesti hyväksyttyjä, niiden olemassaoloa voi olla vaikea edes havaita. Jos lukijalla ja kirjoittajalla taas on niistä eri käsitys, argumentti ei lukijaa vakuuta. Jos väite ja perustelut ovat tiedossa, taustaoletuksia voi yrittää selvittää kysymällä: "Miksi esitetyt perustelut antavat tukea väitteelle?"
Perustelujen löytäminen ei aina ole helppoa. Siinä voi olla apua kielellisistä tunnistiesta. Voidaan esimerkisi kokeilla, että olisiko väite ja perustelu mahdollista yhdistää sanalla "koska" tai "sillä".
Argumentaatio voi perustua erilaisiin argumentaatioskeemoihin. Esimerkkejä ovat:
- Relevanttiin auktoriteettilähteeseen vetoaminen
- Esimerkiksi tieteellinen tutkimus tai luotettavasti kirjatut kokemukset. Auktoriteetin tulisi olla kaikkien argumentoinnin osapuolien hyväksymä ja autoriteetti nimenomaan argumentaatiota kohdealueella.
- Analogia-argumentti
- Muusta yhteydestä lainattuun, rakenteellisesti samanlaiseen argumenttiin vetoaminen.
- Yleistettävyysargumentti
- Samana periaatteen johdonmukaiseen soveltamiseen vetoaminen.
Perustelujen löytämisessa voidaan käyttää hyväksi myös ns. väitettävyyskysymystä (assertibility question):
"Mikä argumentti tai todiste oikeuttaisi minut väittämään johtopäätöksen C?"
Ajatuksena on, että lukija itse ensin pohtii, miten esitetyn väitteen voisi perustella ja sitten katsoo, onko kirjoittaja esittänyt saman perustelun.
Itse muodostetun tai artikkelista löytyneen argumentaation arvioinnissa tulee aina pitää mielessä kysymys siitä, seuraako väite esitetyistä perusteluista. Väärän tai puutteellisen perustelun voi tunnistaa esimerkiksi kysymällä:
"Voisivatko argumentin perustelut olla totta ja johtopäätös väärä?"
Ylläesitetty väitettävyyskysymys painottaa henkilökohtaista vakuuttuneisuutta argumentaation arvioinnissa. Siinä puhutaan oikeutetusta väitteestä, ei johtopäätöksen totuusarvosta ("Mikä oikeuttaisi minut väittämään ..."). Se ei siis kysy, että minkä väitteiden pitäisi olla tosia tai epätosia, jotta johtopäätös olisi totta.
Tämä liittyy läheisesti siihen, että eri alueilla on erilainen todistuskynnys (standard of proof). Sosiologiassa ei voida väitteille vaatia yhtä vahvoja todisteita kuin fysiikassa. Jos todistuskynnystä pidetään liian korkealla, mitään ei saada pääteltyä. Toisaalta jos se on liian alhaalla, erehtyminen on todennäköistä. Oikeiden kriteerien valitseminen (tai niistä keskusteleminen) on keskeinen osa argumentaation arviointia.
Argumentaation arvioinnissa on siis otettava huomioon se, että kirjoittajan esittämät perustelut saattavat olla virheellisiä. Ne voivat itse asiassa olla virheellisiä vieläpä hyvin monellakin eri tavalla. Ne saattavat kuulua laajemmin retorisen kielenkäytön (esim. mainonta) piiriin, jossa on lukijan vakuuttamiseksi hyväksyttyä vedota esimerkiksi hänen tunteisiinsa tai asiaan liittymättömiin auktoriteetteihin.
Argumentaatioanalyysiä käsittelevässä kirjallisuudessa on esitetty useita erilaisia jaotteluja argumentaatiovirheille. Niitä kutsutaan päättelyvirheiksi, mikäli ajatellaan viallisten argumenttien olevan tahattomia tai harha-argumenteiksi, jos halutaan painottaa sitä mahdollisuutta, että perustelun esittäjä pyrkii tietoisesti harhaanjohtamaan toisia osapuolia. Oli argumentaatiovirheen tausta mikä tahansa, se tarkoittaa vain, että esitetty argumentaatio ei tue esitettyä väitettä. Itse väite voi kuitenkin olla tosi, mutta joistain muista syistä kuin mitä argumentaatiossa esitetään.
Ainakin seuraavia eri tyyppisiä argumentaatiovirheitä voidaan tunnistaa: